内蒙古农业大学科技工作在校党委和行政的正确领导下，以"科教兴国"战略为指导，紧紧抓住西部大开发的良好机遇，坚持科技创新，走"农科教"、"产学研"相结合之路，组织多学科的联合攻关，稳步推进基础研究，大力开展农牧林业实用技术和高新技术的研究与开发，促进科技成果的推广转化工作。
自2002年以来，学校承担了包括国际科技合作、国家863、973、科技攻关、成果转化基金及农业部跨越计划、自治区科技攻关等重点、重大项目计划在内的国家有关部委、自治区有关厅局下达的各类科技项目及地方和企业委托的各类横向课题855项，总经费1.6亿元，尤其是在基础研究领域，学校承担的国家自然科学基金面上项目数达144项，总经费近2787万元，据国家自然科学基金委员会统计资料表明，学校承担的国家自然科学基金面上项目列全国农业院校第六位。科技工作的发展，有力地支持了学校的本科教学工作和学科建设工作，为自治区经济建设提供了技术支撑和新的经济增长点，创造了显著的社会经济效益。
学校科技处被国家教育委员会评为全国高等学校科技管理先进单位。
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